Die Handlung von TotK ist da sowieso sehr, sehr schwierig. TotK tut im Grunde so, als hätte es BotW nie gegeben. Alles, was man von BotW in TotK nicht mehr gebraucht hat, hat man einfach, wie du gesagt hast, weggeschnippt und kommentiert mit „die waren dann einfach weg“; nicht nur die Wächter, sondern bspw auch die Titanen, bei denen es noch viel abwegiger ist, dass die einfach so verschwinden. Zusätzlich ist alles, was man für TotK braucht, was es in BotW aber noch nicht gab, gleichzeitig einfach so erschienen (die Himmelsinsel waren plötzlich einfach da, haben aber laut Geschichte schon immer existiert).
Was Zelda als Drache in BotW gemacht hat, wo sie da war, wird nicht erläutert.
In BotW geht es um die Verheerung Ganon und in TotK gegen den Dämonenkönig Ganondorf und niemand schafft es, zwischen beiden eine Verbindung aufzubauen. In TotK tappen sie das komplette Spiel über im Dunklen und wissen absolut nicht, womit sie es zu tun haben (der Spieler weiß es seit dem ersten Trailer) und die Verheerung Ganon wird in TotK meiner Erinnerung nach nicht ein einziges Mal erwähnt.
Das zeigt für mich einfach nur wieder, wie sehr Nintendo auf eine konsistente Geschichte in ihren Zeldas schei**. Dadurch wird die berühmte Timeline nur noch absurder, da ja selbst offensichtlich unmittelbar aufeinander folgende Teile sich inhaltlich drastisch gegenseitig widersprechen und überhaupt nicht zueinander passen wollen. Und unter solchen Voraussetzungen wird hier jahrelang diskutiert, ob A Link Between Worlds jetzt vor Phantom Hourglasses oder vielleicht doch nach Twilight Princess spielt