Ich glaube, die Zeitreisen, die uns in SS präsentiert werden, funktionieren etwas anders. Man beachte die Spielmechanik mit den Steinen der Zeit, welche auch nicht wirklich den Zeitfluss an sich verändern, aber sehr wohl erlauben, die Gegenwart unmittelbar zu beeinflussen. Ich schätze, es ist der ganze Sinn dieser Darstellung, klarzumachen, dass eben keine komplizierten Timesplits oder dergleichen entstehen, sondern dass einfach die Zeit durch das Eingreifen in die Vergangenheit unmittelbar verändert wird. Das Tor der Zeit im Siegelhain funktioniert IMO auch so.
Das merkt man auch deutlich an Bado. Zuerst meint er, er suche für den Erdfleck im Hain einen passenden Baum zum Einpflanzen. Dann geht man wohl um die tausend Jahre in die Vergangenheit [denn tausend Jahre lang hat der Skorpion im dritten Tempel gebraucht, um zum Boss heranzuwachsen], pflanzt dort den Lebensbaum ein, und als man in die Gegenwart zurückkehrt, meint Bado, dass du einen guten Baum ausgesucht hast. Nach der gängigen Zeitreise-Logik müsste er allerdings den Baum schon dort vorgefunden haben, was offensichtlich nicht der Fall ist -> Links Veränderung der Vergangenheit hat sich unmittelbar auf die Gegenwart ausgewirkt. Genauso wie in Oracle of Ages. Wisst ihr noch? Als der Mako-Baum in der Gegenwart plötzlich drunter leidet, dass er in der Vergangenheit von Monstern attackiert wird?
Einen Fehler gibt es dabei freilich, wie in den meisten Zeitreise-Geschichten, auch: man kann im Siegelhain von Anfang an hinter dem Tor den Kristall sehen, in dem Zelda schläft. Obwohl der nach der Masterschwert- und Lebensbaum-Logik noch gar nicht da sein dürfte.