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Metroid Prime 3 soll groß und komplex werden, wie schon die Vorgänger und, wenn auch in einigen von Nintendos Presse-Materialen als Genre "Ego-Shooter" fällt, bleibt sich der dritte Teil der Prime-Serie treu, lediglich das Schießen wird durch den Wii-Controller verbessert.
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Eine Unterstützung des Connect24-Services schließt RetroStudios nicht aus, einen Online-Multiplayer wird es allerdings kaum geben. Die Konzentration liegt im Moment voll und ganz auf dem Einzelspieler-Modus.
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Die Story schließt die Phazon-Geschichte ab, jene gefährliche Substanz, die sich nun im Weltall ausbreitet. Das Spielgeschehen findet auf mehreren Planeten statt, die man mit Samus Schiff frei anfliegen kann. Das Schiff selbst wird aber nicht geflogen werden können. Es ist jedoch möglich, mit einem neuen Visor das Schiff zu kontrollieren, wenn man auf einem Planeten ist, um etwa einen Luftangriff in brenzligen Situationen zu starten oder große Objekte zu beseitigen.
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Samus Ziel ist es, das Phazon auf all den im Spiel vorkommenden Planeten zu stoppen. Dabei ist Samus selbst vom Phazon infiziert und erkrankt im Verlauf des Spiels immer mehr, was sich sogar aufs Gameplay auswirkt. So kann Samus nun jederzeit den Hyper Beam, bekannt aus Metroid Prime 1, benutzen, allerdings auf Kosten von Lebensenergie.
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Der Hunter, der Samus in der E³-Demo hilft, ist nicht Noxus aus Metroid Prime Hunters für den Nintendo DS. Es haben jedoch dieselben Designer auch schon an MP1 und MP2 mitgearbeitet, und es wird auch weitere Auftritte anderer Kopfgeldjäger geben, die eventuell nicht immer freundlich gesinnt sind.
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In der E³-Demo hat man gesehen, wie man Gegnern mittels Grapple Beam das Schild entreißen oder verschlossene Türen entfernen konnte. Solche überraschenden Alternativ-Einsatzmöglichkeiten sollen auch andere vertraute Ausrüstungsgegenstände erhalten. Zum Beispiel ist das X-Ray-Visor diesmal wichtiger, da man so erst gezielt den neuen, durch Wände schießenden Beam einsetzen kann. Zudem kehrt die aus MP2 bekannte Screw Attack zurückkehren, die diesmal verstärkt zum Einsatz kommt und dementsprechend auch früher im Spiel gefunden werden kann.
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Dass es in der Demo keine Möglichkeit gab, den Beam zu wechseln, hatte seinen Grund: Wie schon in Super Metroid für den SNES wechselt man Beams nicht, sondern legt ein Upgrade direkt über den alten Beam. Auf diese Weise wird der Beam immer mächtiger und das nervige Beam-Wechseln beim Durchlaufen langer Distanzen fällt weg.
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Die Entwickler haben das Feedback zu MP2: Echoes ernst genommen, und daher sowohl Schwierigkeitsgrad wie auch das Backtracking, das ständige Aufsuchen schon besuchter Orte, entschärft. Das typische Scannen wird auch dabei sein, aber hier werden diejenigen, die davon in Teil eins und zwei genervt waren, freudig zur Kenntnis nehmen, dass dieser Vorgang nun wesentlich schneller geht als bisher. Dennoch bekommen Metroid-Fans wieder einiges zu lesen, wenn sie wollen.
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Was die Steuerung angeht, haben die Entwickler genau auf die Reaktionen der Spieler auf der E³ geschaut. Die Steuerung ist im Moment alles andere als final, und vor allem wird überlegt, wie man Bewegungs-gesteuerte Aktionen einsetzen kann. So wird die Bewegung für den Grapple Beam noch verfeinert, und auch darüber, wie man das Accelerometer nutzen will, wird noch überlegt. Auf jeden Fall bleibt der Einsatz der Wiimote als Pointer des Beams erhalten. Den Beam feuert man dabei derzeit noch durch Drücken des A-Button ab, da bei Verwendung des B-Triggers dafür Ermüdungserscheinungen des Fingers auftreten könnten. Diese Button-Belegung könnte sich aber noch ändern. Auch das Lautsprecher-Feature der Wiimote wurde noch nicht genutzt, doch die Entwickler hätten schon zahlreiche Ideen dafür.