Im Jahr 2002 initiierte der Duma-Abgeordnete
Sergei Kowaljow eine öffentliche Kommission, um die Hintergründe der Sprengstoffanschläge auf die Moskauer Wohnhäuser zu untersuchen.
[17] Die Kommission kam zu dem Schluss, dass nicht tschetschenische Terroristen, sondern der FSB hinter den Anschlägen stünde. Daraufhin kam es zu mehreren unnatürlichen Todesfällen von führenden Kommissionsmitgliedern, politisch motivierten Verfahren und Verurteilungen, Todesfällen unter ungeklärten Umständen, sowie Körperverletzungen.
[18]
Beobachter, die die offizielle russische Version anzweifeln und eine Täterschaft des FSB für wahrscheinlich halten, gehen meist auch von einer Verwicklung Putins aus.