Martel, die nach den Ereignissen von ToS ja Schutzgeist des neuen Manabaums wurde. Nachdem der Endgegner von ToP besiegt wurde, opfert sie sich (oder auch nicht, da scheint es in den verschiedenen Übersetzungen Unterschiede zu geben), um einen Manasamen zu erzeugen, damit der Heimatplanet des Endgegners wieder gedeihen kann. Da der Endgegner in seiner zweiten Form wie ein Engel aussah, handelt es sich wohl um Derris-Kharlan.
Ansonsten gibt es in ToP auch einen Ymir Wald (der als Dungeon genauso nervig ist wie in ToS), die Minen die man schon in ToS betreten hat, sind ein Dungeon in ToP (man betritt die Bereiche, die hinter der Tür lagen, die man nicht betreten konnte), es gibt wieder ein verborgenes Ninjadorf (und ein Mädchen aus dem Dorf hat den gleichen Nachnamen wie Sheena). Die ganzen Elementargeister sind auch wieder da, bis auf Celcius. Der Held des Spiels kriegt später auch das Ewige Schwert, dass wie in ToS aus zwei Klingen gebildet wird (Flamberge und Vorpal). Außerdem gibt es auch in ToP eine Manakanone, und es wird erzählt, dass sie schon mal in der Vergangenheit genutzt wurde.
Aus Phantasia wissen wir auch, wie Llyod den Manabaum genannt hat: Yggdrasill, was storytechnisch Sinn mach. Es gibt bestimmt noch mehr Verbindungen, aber das ist alles, was mir spontan einfällt.