Auf Einladung Götz Kubitscheks sprach Höcke am 21. November 2015 am IfS über die deutsche Flüchtlingspolitik. Dabei behauptete er, die
Evolution habe bei Afrikanern genetisch eine andere Fortpflanzungsstrategie erzeugt als bei Europäern. Die „
r-Strategie“ der Afrikaner ziele auf möglichst hohe Geburtenraten, die „K-Strategie“ der Europäer dagegen darauf, den vorhandenen Lebensraum optimal auszunutzen. Aktuell treffe der „lebensbejahende afrikanische Ausbreitungstyp auf den selbstverneinenden europäischen Platzhalter-Typ“. Solange Europa bereit sei, den hohen Bevölkerungsüberschuss Afrikas aufzunehmen, werde das die einheimische Bevölkerungsstruktur radikal verändern und unweigerlich einen „Staatszerfall“ herbeiführen. Daher sei eine völlige Schließung der Grenzen Europas für Migranten aus Afrika unbedingt notwendig.
Der Evolutionsbiologe Andreas Beyer berief sich auf die nur 0,1 Prozent betragenden Unterschiede zwischen Genomen beim
Menschen. Er verwies darauf, dass vor dem
Pillenknick auch in Industrienationen hohe Geburtenraten üblich waren und dass aufgrund der Abstammungsgeschichte die genetische und kulturelle Vielfalt in Afrika am größten sei. Höckes Ideen seien somit gänzlich unhaltbar und tatsachenwidrig. Er vermische und verdrehe Fakten, die ihm bekannt sein müssten, mit Halbwahrheiten und Falschaussagen, typisch für jede pseudowissenschaftliche Argumentation.
Ohne inhaltlich Stellung zu nehmen, ließ Höcke ausrichten, er lehne die „völlig absurde Rassentheorie des Nationalsozialismus“ entschieden ab. Sie widerspreche seinem christlichen Menschenbild.Bei der Vorstellung des AfD-Positionspapiers zu
Leitkultur, Identität, Patriotismus im Mai 2018 warf er der deutschen Politik „Identitätsauflösung und Heimatzerstörung“ vor und sprach von „
Multikulti-Extremisten“, deren Forderung nach „bunter Vielfalt“ auf die „Durchmischung der Bevölkerung mit Personengruppen anderer Hautfarbe“ abziele. Durch „massenhaften Import“ von Menschen aus fremden Kulturen werde das Sitten-, Werte- und Normengefüge zerstört. In einem Interview sprach er sich gegen die
Integrationspolitik aus und forderte die Erhaltung der „Rückkehrfähigkeit“ von Flüchtlingen. Asylrecht sei lediglich ein Gastrecht auf Zeit. Es sei sein Ziel, 99 Prozent der Zuwanderer, die keinen Anspruch auf politisches Asyl hätten, „wieder loszuwerden“, und auch anerkannte Flüchtlinge müssten das Land wieder verlassen.
Während des Landtagswahlkampfes 2019 forderte Höcke für Thüringen (das nicht ans Ausland grenzt) den Aufbau eines eigenen Grenzschutzes für den Fall, dass der Bund die Abschiebung aller Ausreisepflichtigen nicht sicherstellen könne. 2022 behauptete Höcke auf Facebook, dass Prägung und Mentalität von Migranten für eine gesteigerte Gewaltaffinität sorgten und für eine angeblich gestiegene Zahl von Gruppenvergewaltigungen verantwortlich seien. Auf dem zugehörigen Bild wurde zudem das Wort „Gruppenvergewaltigungen“ mit arabischer Schrift illustriert und damit laut dem Thüringer Verfassungsschutz alle Ausländer unter den Pauschalverdacht der Kriminalität gestellt.
