Nicht ganz. Es war etwas anders.
Sie wurden nicht ersetzt bzw. es gab keine evolution sondern:
Der Pendant der Zoras sind die Orni.
Der Pendant der Kokiri/Dekus sind die Krogs.
Das heißt, sie haben die Rolle der alten Rassen im neuen Teil ersetzt.
Symbolisiert wird das bei dem Spielen der Lieder im Terra & Zephir Tempel.
Die alten Rassen sollen trotzdem noch existieren. Sei es versteckt oder untergetaucht.
Ursprünglich sollten auch die Goronen einen Pedant bekommen.
Diese Rasse hätte das letzte Deamont beschützen sollen (mit eigenem Dungeon)
Was letzendlich übrig blieb ist Jaboo (der riesige Fisch).
Genauso wie Hyrule unter Wasser eine 2te Welt hätte werden sollen.
(so wie Licht und Schatten). Die Triforceteile hätte man im alten Hyrule suchen sollen (soweit noch in Erinnerung

)
Nur ist das im Finalen Zelda Windwaker nicht mehr umgesetzt worden, sei es aus zeitgründen oder anderen ursachen.
Zusammenfassend:
Nachfolger der alten Völker:
Dekus/Kokiri - Krogs
Zoras - Orni
Goronen - ???
Die 3 heiligen Wesen (im englischen Spirits) wurden umgesetzt:
Valoo - Heiliger der Orni und Herrscher der Luft
DekuBaum - Heiliger der Krogs und Herrscher der Erde
Jaboo - Heiliger der ??? und Herrscher der See
Wie man sieht, erkennt man auch einen roten Faden.
Ursprünglich wollten die Entwickler mit WindWaker die Thematik der 3 Ebenen Luft-Erde-Meer umsetzen. Leider ist es dazu nicht ganz gekommen.
Es fehlen im fertigen Spiel der Meer Dungeon mit dem letzten Deamont und das Meer Volk.
Das alte Hyrule hat nur Hyrule Schloss bekommen.
Das restliche begehbare Land wurde gestrichen.
Die Triforce Suche im heiligen Land (soweit ich noch weiß in antiken Schreinen) wurde in eine Schatzsuche an der Meeresoberfläche umgesetzt.