Raven Beak der Anführer des Chozo Kriegerstammes wollte die Metroids mithilfe von Quiet Robe unter seine Kontrolle bringen, um das Universum einzunehmen. Quiet Robe ist der letzte überlebende des Chozo Forscherstammes und nur diese können Metroids kontrollieren.
Allerdings gibt es keine Metroids mehr, doch Raven Beak fand heraus das Samus Aran Metroid DNA besitzt.
Er veröffentlichte Bilder eines X-Parasiten auf ZDR. Diese sind allerdings in Quarantäne und stellen keine gefahr da.
Die GF schickte EMMI um ZDR zu untersuchen, verlor aber Kurz darauf sämtliche kommunikation mit ihnen. Samus begab sich selbst auf ZDR, weil sie immun gegen die X-Parasiten war.
Kurz nach ihrer ankunft verlor Samus den Kontakt zur Adam KI und wurde von Raven Beak angegriffen. Dieser lies sie stark geschwächt am Leben.
Bis kurz vor Ende des Spiels kann Samus keine Verbindung mehr zu Adam aufbauen, sondern wird von einer gefälschten KI Getrieben. Wir merken das daran, das die KI weder Lady zu ihr sagt, noch nach Einwänden fragt.
Die KI wird von Raven Beak gesteuert und soll die Metroid DNA in Samus erwecken. Auch das kann man im Spiel immer mehr sehen.
Zum ersten mal bei der ersten Omega KI, dessen Kraft Samus absaugt ohne es zu Realisieren. Auch später versucht sie immer öfter mit Ihrer linken Hand die Gegner zu Greifen. Samus bemerkt ihre verwandlung erst kurz vor dem Ende als sie einen EMMI mit der blossen hand zerstört.
Sie trifft auf Quiet Robe, der ihr Raven Beaks Plan erklärt die Metroids aus ihrer DNA zu klonen.
Raven Beak lässt die X-Parasiten frei um Samus verwandlung voran zu treiben. Dabei löscht er sämtliches Leben auf ZDR aus. Auch Quiet Robe wird von einem befallen. Wie gesagt, die X-Parasiten erlangen das Komplette Wissen des Wirtes und somit kann dieser X, Metroids kontrollieren.
Samus ballert also wieder alles kurz und klein und stellt sich dann Raven Beak in der fliegenden Festung Itorash.
Während dieses Kampfes wird Samus vollends zum Metroid und dreht völlig durch. Sie entzieht RB und Itorash soviel Energie das der Kern der Festung überlastet wird und auf ZDR herabstürzt.
ZDR droht zu explodieren und Samus muss in ihrer neuen Melonen-Sui….Metroid Suit fliehen.
Die Powersuit nimmt übrigens nur deshalb eine Metroid Form an, weil sie seit dem Anfang von Fusion durch den X-Parasit ein Teil von Samus Körper ist.
In ihrem Schiff angekommen hält die echte Adam KI sie davon ab das Steuerpult zu berühren, weil sie einfach die komplette Energie aus dem Schiff saugen würde. Dann taucht Quiet Robe X auf. Anstatt sie anzugreifen, Opfert sich der Parasit und wird ein Teil von Samus. Samus erhält dadurch die Fähigkeit, Metroids zu kontrollieren. Wodurch sie die Kontrolle über sich zurück gewinnt.
Sie kann fliehen und ZDR fliegt, wie es Tradition ist, in die Luft
Samus aktueller Status: Metroid mit Chozo DNA(beider Stämme), Menschen DNA und X-Parasiten DNA, Chozo Krieger, Ex-Soldatin, unabhängige Kopfgeldjägerin, Massenmörderin, Planetenzerstörerin und Feind der Galaktischen Förderation. Familie und Ersatzfamilie Tot. Im Besitz der KI von Adam Malkovich.