In einer nicht allzu fernen zukunft, ist die Erde überbevölkert und die Menschheit sucht nach neuen geigneten Planeten um neue Siedlungen zu errichten.
Es werden 2 Pionierschiffe mit Siedlern losgeschickt. Und diese Schiffe finden jeweils 2 Planeten. Vecta und Helghan. Vecta hat ein àhnliches Klima wie die Erde, Es gibt viele Sümpfe und Grasflächen. Die Siedler von Vecta Pflegen den Kontakt mit der Erde weiter. Vecta wächst und die Vectaner werden zu einer florierenden technologisch hochentwickelte Zivilisation.
Nicht so leicht haben es zu dieser Zeit die Siedler die auf dem Planeten Helghan gelandet sind. Überall gibt es Aktive Vulkane, und giftige Gase verpesten die Luft. Die Menschen werden Krank, viele müssen sterben. Die bewohner von Helghan wenden sich in ihrer verzweiflung an die Erdflotte, diese lässt die Helghaner in der tinte sitzen. Nach einer weile beginnen die
Helghaner sich an die giftigen Gase zu gewöhnen. Sie werden zwar Blass, aber die in den Gasen vorhandenen Aminosäuren machen die Helghaner widerstandsfähiger. Menschen werden zu Helghasts und ihre Wut gegenüber Vecta und der Erde wächst...
Der erste Helghanische Krieg (Prolog)
Die Helghasts greifen die unvorbereiteten Vectaner an, und schaffe es grosse teile des Planeten einzunehmen. Vecta ist den Helghasts ausgeliefert. Doch die Erdflotte unterstützt Vecta mit einer Armee und schafft es Vecta zu befreien. Die angeschlagenen Helghasts ziehen sich wieder zurück.
Visari kommt an die Macht (Intro von Killzone PS2)
Die Erdflotte und Vecta beschliessen einer Interplanetare Armee aufzubauen. Sie soll künftig den namen ISA tragen und soll bei weiteren angriffen der Helghasts schnell eingreifen können.
Zu dieser Zeit fühlen sich die Helghasts am Ende. Sie haben den Krieg verloren und ihr Selbstvertrauen ist geschwächt, Ihre Wut gegen die Menschen wächst ins unermessliche. Ein Heghast-Politiker namens Visari nutzt die Gunst der Stunde und hält Reden die bei der bevölkerung von Helghan grosse Zustimmung finden. Er gibt ihnen wieder Selbstvertrauen...Er verspricht der Bevölkerung von Helghan innert 10 Jahren Helghan zur Stärksten Zivilisation aller Zeiten aufzubauen, verlangt dafür aber uneingeschränkte Macht.
Der zweite Helghanische Krieg (Killzone)
Meister Visaris Plan geht auf, Helghan wird stärker als je zuvor und ihre Armee ist Technologisch hochentwickelt und zahlenmässig der ISA überlegen. Die Helghasts greifen Vecta wieder an und da die Verteidigungsplatformen von Vecta nicht mehr funktionieren, Ist Vecta wieder den Helghasts ausgeliefert.
Doch es gibt noch hoffnung für Vecta: Die Erde hat vom Krieg erfahren und schickt weitere Truppen nach Vecta. Doch bis die Erdflotte angekommen ist, muss die ISA versuchen die Verteidigungsplatformen wieder zu Aktivieren.
Da ein Krieg gegen die überlegenen Helghasts sinnlos wäre, werden die 2 ISA Spezialisten "Templar" und "Luger" zu den Verteidigungsplatformen geschickt. Auf ihrer Reise treffen sie auf "Rico" ein sehr roher und brutaler Soldat, und auf "Hawka" ein Halb-Helghast der nun als Spion für Vecta arbeitet. Die etwas gewöhnungsbedürftige Truppe schafft es, die Verteidigungsplatformen zu erreichen und erfährt dass ein gewisser General Adams für den Ausfall verantwortlich war. Sie töten General Adams und Aktivieren die Verteidigungsplatformen.
Die Erdflotte schafft es schliesslich Vecta zu erreichen, und besiegt einen Grossteil der Helghasts auf Vecta.
Der Liberation Day (Killzone Liberation PSP )
Südlich von Vecta City, sammeln die besiegten Helghasttruppen ihre Kräfte und starten einen Angriff. Der ISA Soldat kämpft an vorderster front gegen die neue Bedrohung.
