Eine direkte Option bzw. Einstellung habe ich auf die schnelle nicht gefunden. Man kann zwar den Speicherort manuell ändern (Safari => Einstellungen => Allgemein => "Downloads speichern in ..."), aber du willst den Ort ja je nach Datei umändern. Um eine Datei stets im selben Ordner zu haben, würde ich einfach auf Internetdatei rechts drauf klicken und dann den Punkt "Vernüpfte Datei speichern unter .." auswählen. Ist zwar nicht elegant, erfüllt aber den Zweck.
Ich arbeite allerdings noch mit Safari 3.2.1 - die Beta-Version von Safari 4 habe ich mir bislang nicht angeschaut. Es kann sein, dass die Optionen sich nun anders nennen. Ich hoffe ich konnte dir helfen.

Viel Spaß mit dem Mac!