Machen wir mal Schritt für Schritt, denn das sind jetzt zwei verschiedene Punkte. Der erste Punkt ist die "good Guys" des Settings und die existieren schlicht nicht und das wurde von Games-Workshop so auch mehrmals explizit kommuniziert (es gibt lediglich mehr und weniger interessante Fraktionen).
Games-Workshop hat sich vor ein paar Jahren sogar genötigt gesehen ein älteres Statement wieder aufzuwärmen, weil (und ich meine das wirklich ernst) ein paar sehr weit rechts außen stehende Fans das Imperium als ein Ideal stilisiert haben das es schlicht nicht ist: Massendeportationen zum vergasen, Gleichschaltung vom Klerus, Militär und Regierung, absolut überbordernder Militarismus (du wirst bereits in eine Straflegion eingezogen und verheizt, wenn
dein Sachbearbeiter einen Fehler bei deiner Steuererklärung macht und du selber überhaupt gar keine Schuld trägst).
Nämlich dass Wh40k sowohl Parodie als auch Kritik ist. Der Imperator selbst war übrigens absolut strikt gegen eine Staatsreligion, da er genau wusste wo das enden wird und Roboute Guilliman regt sich exakt darüber auch in der "das dunkle Imperium"-Trilogie mehrmals auf, weil er tatsächlich mit ihm geredet hat und zumindest im groben weiß was er wollte/will.
Punkt 2 sind die Optionen die Menschen haben und da hast übrigens tatsächlich bereits selbst ein bereits in der Lore existierendes Beispiel benannt, in dem es Menschen deutlich besser haben als im Imperium: bei Planeten die von den Tau annektiert wurden. Und die wurden nicht gezwungen, sondern sind freiwillig immigriert, da das Imperium ein wahnsinnig ineffizienter Moloch ist.
Das Imperium ist selbst auf seiner Kronwelt Terra absolut unfähig einen auch nur annähernd lebenswerten Lebensstandard aufrecht zu erhalten, was in der Romanreihe "Schattenchronik von Terra" extrem gut herauskommt. Ich will hier nicht ins Detail gehen, weil ich selbst mit Andeutungen um das zu veranschaulichen schon recht stark spoilern würde.
Selbst bei all den absurd riesigen Mengen an Ressourcen die Holy Terra verschlingt, vegetiert ein überwältigender Löwenanteil von Terra sein gesamtes Leben unterernährt, krank und ohne jegliche Perspektive vor sich hin. Was u. A. auch mit der massiven Überbevölkerung von Terra zusammenhängt, das eine Hiveworld to-the-absolute-max ist. Alleine die Administration von Holy Terra z. B. beschäftigt nach offiziellen Zahlen bereits über 10 Milliarden Menschen... (die niedrigste Schätzung der Population von Terra überhaupt geht von mindestens 200 Milliarden Menschen aus).
Es gibt zwar Ausnahmen wie den stark befestigten Ultramar-Sektor wo es läuft, aber das sind halt wirklich Ausnahmen und liegt an der Legacy die Roboute Guilliman vor seinem zehntausend Jahre langem Nümmerchen hinterlassen hat. Aber auch der Sektor hat massive Probleme bekommen und musste "kürzlich" einen schweren Pyrrhus-Sieg wegstecken.
Ein anderes Beispiel wo es den Menschen ausnahmsweise mal wirklich gut geht, ist als die Menschen sich auf einer Maidenworld der Eldar niederlassen und vom Imperium quasi vergessen sind... die ironischerweise auch eine Tombworld der Necrons ist. Die Bevölkerung dieses Planeten verehrt sogar die Necrons, auch wenn sie nicht wissen dass es Necrons sind.
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Außer von den Tyraniden, die sind nur als Konzept interessant, aber nicht als tatsächlicher Inhalt einer Geschichte. 
