Die Seite mit dem Interview, in dem Kojima das sagte, scheint es nicht mehr zu geben, ist ja auch schon lange her, aber das macht nichts.
http://en.wikipedia.org/wiki/Metal_Gear_Solid#Development
Da steht, wie es zum Titel kam. Und bevor es jetzt heißt, "Woah woah woah! Wikipedia kann man aber nicht trauen!", (Was ja mehr oder weniger auch stimmt.) das ist ja nicht einfach nur 'ne Behauptung, sondern hat auch 'ne Quellenangabe, eben das besagte Interview...nur geht die Seite eben nicht mehr, also musst du einfach in sauren Apfel beißen und es glauben.
Zumal Metal Gear 3 anscheinend der Arbeitstitel gewesen sein soll.
Es stimmt auf jedenfall, dass auf der Policenauts Pilot Disk aus 1995 einige Konzeptzeichnungen von MGS zu sehen ist, aber dass Kojima das Game schon für 3DO geplant haben soll, kann ich nicht 100%ig bestätigen, er soll es in einem der Hidechan Podcasts gesagt haben, wenn man den Leuten im JunkerHQ Forum glauben darf und ich sehe kein Grund, das nicht zu tun.
Edit: lol, seh gerade, References Nr. 42, da findest du auch die Erklärung von Kojima.