Selbstverständlich sind alle immer noch in der Matrix. Es hat sich noch niemals jemand wirklich aus der Matrix befreit. Das ist nur ein weiterer Trick der Maschinen, um besonders rebellische Persönlichkeiten, die sich mit der "Realität" der Matrix nicht zufriedengeben, ruhigzustellen. Sie bekommen scheinbar die Möglichkeit, sich aus der Matrix zu befreien, in Wirklichkeit gelangen sie aber nur auf die "Zion-Ebene" der Matrix. Auf diese Weise denken sie, sie seien frei und könnten die Maschinen bekämpfen - in Wirklichkeit bewirken sie aber GAR NICHTS. Neo ist eine systemimmanente Anomalie (d.h. eine Anomalie, die sich aus dem Programm selbst ergibt und nicht eliminiert werden kann), die immer wieder zur Quelle (zum Architekten) zurückkehrt. So kann die Matrix neu gebootet werden und danach in noch perfekterer Version neu entstehen.
B.t.w.: Das ist nur meine persönliche Meinung, keine gesicherte Information.